اما اساسنامه این موزه در اردیبهشت ماه 1385 به تصویب سازمان فرهنگی هنری شهرداری تهران رسید.این موزه مکانی است برای تمام هنرمندان که تجلی  روح خداوند وجه اصلی آثارشان است و هر از گاهی آثارشان در این موزه به نمایش در می آید.

در روز روزهای پایانی  شهریور ماه زمانی که پرسان پرسان به این موزه بزرگ رسیدم در طبقه همکف آثار نقاشی به مضامین مذهبی به دیوار ها آویزان بود و به گفته کارشناس هنری موزه در زمان های مشخصی آثار هنری هنرمندان برجسته و ممتاز کشور در این موزه در طبقه همکف به نمایش در می آید اما اگر آثاری از هنرمندان موجود نباشد آثاری که در خود موزه وجود دارد و توسط مسئولین موزه خریداری شده است به دیوار ها آویزان می شود.

اما به زودی در ایام مبارک عید غدیر آثار متعددی هنری با موضوعیت حضرت علی (ع) در این موزه به نمایش گذاشته خواهد شد و برنامه های خاصی برای آن زمان داریم.

از در اصلی که وارد محوطه ساکت موزه می شوی اولین  اثر هنری که نظر هر بیننده ای را جلب می کند مکعب های سفید رنگی است که با نظم و ریتم خاصی بروی یکدیگر چیده شده است و از کف زمین تا بلنداری سقف طبقه چهارم موزه می رسد. انگار اگر این این مکعب ها را بالا بروی به آسمان خواهی رسید و ناخوداگاه چشم که آنها را دنبال می کند مسیر نگاه به آسمان می رسد. سازنده این اثر امیر احمد معبد نام این اثر زیبا را «بلندای آسمان » گذاشته است.

«دین پژوهان هنر شناس، بائر و حضور یک امر قدسی یا معنوی را شاخص دینی بودن  یک پدیده  یا اثر هنری می دانند و مقصود آنان از امر قدسی، متعالی یا معنوی،حقیقتی پاکیزه و منزه از عیب و نقص و محیط بر همه موجودات است.

همه دین پژوهان  هنری اتفاق نظر دارند  که سیوه  تجلی امر قدسی در جهانی هستی و از آن جمله در اثر هنری یکسان و ثابت نیست، بلکه جلوه های گوناگون و گاه به نظر متناقض دارد.

به گواه تاریخ، بخش اعظم میراث هنری آدمیان، عینیت ایده های دینی است و آدمیان گوهر آفرینش گریشان  را به پای دین عرضه کرده اند. در عرصه هنرهای تجسمی ،سرزمین ایران به عنوان یکی از چند کانون هنر و تمدن  اسلامی گونه ای از هنر را به شیوه معنوی و عرفانی به جهان عرضه کرده است. صورت بندی موزه امام علی (ع) در مرکز ایران اسلامی در همین راستا و به منظور توجه به گوهر آفرینش گری(روح خداوند) در نهاد آدمی ، شکل گرفته است. برای مبنا نظرگاه  این موزه به هنرهایی است که در نگاه نخست ژرف اندیشیانه مفهوم امر قدسی را به ذهن متبادر می کند  و سوی دیگر آن ، توجه  به هنر معاصر هنرمندان  موحد جهان است »

این موزه در سه طبقه بنا شده است و در طبقه همکف  نمایشگاه ادواری و مناسبتی ، کتابخانه  تخصصی ، سالن اجتماعات  و واحد اداری موزه قرار دارد.

مجموعه کتابخانه موزه  شامل بیش از 8000 نسخه مدرک است . این مجموعه دارای 6500 نسخه کتاب تخصصی در موضوعات هنر دینی ـ اندیشه دینی ـ هنرـ علوم قرآنی ـ وقایع پیرامون زندگانی حضرت علی (ع) و فضایل و مناقب ایشان ـ شرح و ترجمةهای متعددی از نهج البلاغه و «غررالحکم و دررالکلم » ـ شعر از شعرای معاصر و تاریخ اسلام ـ کتب مرجع عمومی و تخصصی و...... است . مدارک دیگر شامل نشریات ادواری – بانک اطلاعات هنرمندان ـو همچنین بیش از 1000 لوح فشرده هنری و تعدادی از آثار هنرمندان که در این موزه به نمایش گذاشته شده است .

در طبقه همکف نمایشگاه های ادواری متعدد با هدف تجلیل و نکو داشت از پیش کسوتان  هنرهای تجسمی برگزار می شود.

در بخش فوقانی مجموعه آثار مفاخر هنر معاصر که به صورت دوره ای به معرض نمایش گذاشته می شود آثار استادان امیرخانی، مرحوم دکتر جواد حمیدی، پرویز تناولی، علی شیراز، حسن خسروجردی و حمید عجمی به نماتیش گذاشته شده است.

این طبق بخش دیگری دارد که بسیار جالب توجه است و آن هم جای دست  استاد حسین محجبوبی نقاش، استاد علی اکبر صادقی نقاش ، استاد ژازه طباطبایی مجسمه ساز، استاد امیر خانی خطاط ، استاد اصغر بیچاره عکاس ، استاد ابراهیم جعفری نقاش و چند استاد دیگر به چشم می خورد.

همچنین در این طبقه چند ویترین وجود دارد که مجسمه هایی همچون «انسان و درخت»  و یا نسخه های خطی قران کریم که سطر نویسی خط شکسته نستعلیق و متعلق به دوره قاجار و همچنین نسخه های خطی معاصر و چلیپا نویسی تحریری به چشم می خورد.

همچنین نسخه قران کریم در قطع بسیار بزرگ چاپ سنگی و متعلق به سال 1303 از دیگر نسخه های به نمایش گذاشته شده در این طبق است.

 همچنین مجسمه هایی « خاندان عشایری» و «دست به دست» استاد پرویز تناولی در طبقه همکف به نمایش گذاشته شده است.

بخش میانی این موزه مجموعه آثار هنری های دینی ، نقاشی (سنتی ، قهوه خانه ای و مدرن ) گرافیک ، نگار گری ،نقاشیخط ، خوشنویسی و هنر چاپ را در بر می گیرد. آثار ارزنده اساتید پیشکسوت نقاشی قهوه خانه ای همچون حسین قوللر آقاسی ، محمد مدبر ، عباس بلوکر فر،  اسماعیل جلایر و حسن اسماعیل زاده  در این بخش به نمایش گذاشته شده است.

گارگاه مرمت نیز بخش دیگری از این موزه است  که از ابتدای تاسیس موزه محلی به عنوان  کارگاه مرمت در نظر گرفته شده است و فعالیت رسمی  خود را از سال 1389 در حوزه هایی همچون احیاء آثار آسیب دیده هنری و تاریخی موزه ، ایجاد شناسنامه حفاظتی و مرمتی برای هریک از آثار موزه و کنترل و ایجاد  شرایط مناسب حفاظتی برای آثار موزه ، آغاز کرده است.

در واحد پژوهش اینموزه  انچام پژوهش و تحقیقات در زمینه های هنرهای دینی و برگزاری نشست های تخصصی  در راستای تحقق آرمان اهای دینی ، اهداف و وظایف  واحد پژوهشی موزه را شامل می شوند.

سالن سراسری نور نیز با ظرفیت 100 نفر محل برگزاری همایش ها و نشست های پزوهشی و هنری نقد و بررسی فیلم می باشند.