دو دوره طولانی جنگ‌های ایران و روسیه که در دوره فتحعلی شاه قاجار اتفاق افتاد، اقشار گوناگون مردم را به دفاع از خاک میهن وادار کرد و ملت ایران با وجود اینکه در طول این جنگ‌ها برای نخستین بار با دستاوردها و پیشرفت‌های غربیان آشنا شدند، اما مقهور این پیشرفت‌ها نشده و این مسأله افزون بر عرق ملی و میهنی مردم، در ایفای نقش علما و بیانیه‌ها و فتواهای سیاسی و جهادی آن‌ها ریشه دارد.
 اهمیت مکتوبات علمای دوره قاجار در دفاع از کشور در مقابل دست اندازی‌های بیگانگان، به اندازه حفظ بخش‌های زیادی از خاک کشورحایز اهمیت فراوانی است.
حملات روس‌ها به ایران در دوره حکومت فتحعلی شاه قاجار، افزون بر اینکه تهدید مرزی و جغرافیایی ایران به شمار می‌آمد، از آنجا که حمله یک کشور غیرمسلمان به ایران اسلامی بود، برای عموم علما قابل تحمل نبود و آنان را به تهییج مردم و روشنگری نسبت به شرایط پیش آمده وادار کرد.
در این زمینه از نخستین فتوای صادر شده توسط علما، نوشته‌های شیخ جعفر نجفی(کاشف الغطا) است که با صدور فتوایی ضمن تشریح وظایف علما درزمان بی توجهی و ناآگاهی مردم در مقابله با دولت بیگانه و غیرمسلمان، دفاع از کشور اسلامی را برتر از حفظ جان عنوان کرده و جهاد با کفار را برتر از فرایض دینی دانسته است: «هنگام ضعف مسلمانان بر علما واجب است اعانت رئیس- که متوجه دفع کفار است- به اینکه مردم را وعظ و نصیحت و امر به معروف و سعی در جهاد کنند، و اگر کسی مخالفت کند و علما قادر باشند، تعزیر کنند و اگر احتیاج به ضرب باشد، بزنند؛ و اینکه: میان مردم ندا کنند: کجاست غیرت اسلام؟ کجایند جهدکنندگان در نصرت خاتم پیغمبران؟ کجایند خونخواهان شهید کربلا؟ ایها الناس!
 دنیا دار فناست و در آن قراری نیست و مرگ پیش روی شماست و از آن، مجال فراری نه. پس بفروشید جان‌های خود را به رضای خدا.... پیش از آنکه بمیرید با نومیدی و زیانکاری و محرومی از بهشت و نعمت‌های آن و بی نصیبی از حور و ولدان.» (احکام الجهاد و اسباب و الرشاد، 1380 ص 250)
کاشف الغطا در جای دیگر و در بیان اهمیت مسأله جهاد تشریح می‌کند: «مطلق جهاد و غزا(جنگ با دشمن دین)، بعد از عقاید اسلامیه و ایمانیه، افضل از هر عمل است.... بذل جان شریف به محبت خدا نزدیک تر است از اینکه واجب روزه و نماز هر روزه ادا شود، یا فرض (امر واجب) حج به تقدیم رسد و خمس و زکات تسلیم گردد. پس آنچه در قرآن مجید است، از آیات و آنچه درکتاب‌های حدیث است، از روایات، بر فضل و رجحان جهاد، شاهد مبین است و مزید بر این، اجماع مسلمین بل، ضرورت مذهب بلکه دین» (همان، ص 132)
بصیرت و هوشیاری علما نسبت به اوضاع زمان و تشخیص آنچه برای امت اسلامی ارجحیت دارد، در بسیاری از دوره‌های تاریخ ایران و بخصوص در شرایطی که خطری جامعه اسلامی را تهدید کرده است، بدرستی نشان داده شده و پیامدهای این تصمیم گیری‌ها و تلاش‌ها نیز همواره سبب حفظ عزت و استقلال مردم ایران شده است.
از دیگر علمای بزرگ و آگاه دوره قاجار، میرزای قمی است که با صدور فتواهای متعدد در جنگ با روس ها، ضمن انجام وظیفه دینی و شرعی خود در بسیج مردم برای دفاع از اسلام و کشور اسلامی، در صدد است تا پیامدهای ناشی از این نبرد و تسلط احتمالی آن‌ها بر ایران را تشریح نموده و مردم را از وضعیت ناخوشایند تسلط کفار بر ایران و اوضاع نامناسب آینده بیم دهد: «... این مقاتله بر طبقات مسلمین واجب است و تارک آن عاصی. شکی نیست که اگر مقصود کفار، تغییر احکام اسلام و تبدیل دین با قتل و غارت و نهب (غنیمت) مسلمین باشد، اطلاق مُقاتِل فی سبیل الله صادق است بر کسی که با آن جماعت قِتال کند و نیت، محض رضای خدا و حفظ دین و حراست مسلمین باشد.» (همان، صص 132 و 133)
«.... اگر مقصود کفره بالذات، دفع پادشاه [اسلامی] باشد نه اسلام خود، ولیکن دفع پادشاه، مستلزم دفع بنای اسلام باشد، بر همه بینندگان و شنوندگان، مقاتله و مجاهده بر دفع و رفع کفار واجب است به قاعده الاقرب فالاقرب ، تا دین محمدی (صلی الله علیه و آله) مُندرِس نشود و تخلف از حکم کسی که قابلیت ریاست منحصر به اوست، برای متصدی معین و مجاهدین حرام است و اطاعت سلطان جائر هم در امر جهاد، من باب المقدمه واجب است؛ چه مقصود حقیقی، دفع شر کفار است از دین و رفع اذیت آن‌ها از جان و عرض و مال مسلمین .»(همان)
«ظاهر است که در این جزء از زمان، دشمن دین(روس ها) هجومی چنین نموده و اگر تهاوُنی(کوتاهی) در جهاد به اندیشه این اشتراط شود، اسلام و اهل اسلام و مملکت اسلام، بالتمام خوار و گرفتار واسیر خواهد شد و اثری از دین و مذهب نخواهد ماند.»(همان)
شیخ هاشم کلبی از علمای دوره قاجاریه و مقارن با جنگ‌های ایران و روس نیز از اهمیت مسأله دفاع غافل نبوده و با صدور فتواهای متعدد و پاسخ به شبهه‌ها و پرسش‌های گوناگون در خصوص چگونگی و چرایی جهاد با روس ها، اهمیت این مسأله را مساوی با حفظ اسلام و دفاع از شریعت حضرت رسول اکرم(صلی الله علیه و آله) دانسته و نسبت به خطرهای ناشی از تسلط روس‌ها بر کشور هشدار داده است:
«قصد هر ذی ملت، تأیید مذهب و ملت خود و اِبطال غیر است. و اگر[دشمنان] تصریح کنند که قصد ایشان، مجرد سلطنت است، در این دعوی صادق نیستند و این غیر از خدعه و حیله نیست و مقصود آن‌ها رفع وحشت و آرام گرفتن مسلمین است تا از زیردستی آن‌ها مضایقه و اِکراهی نداشته باشند. اما چون متمکن و غالب شوند، منع کنند مسلمین را از اظهار شعایر دین خود، اذیت کنند ایشان را و گرامی دارند کسانی را که رغبت به طریقه ایشان می‌کنند و اگر هم مسلم داریم که قصد پادشاه روس، افزودن مُلک است و بس نه تغییر شرایع دین، در این صورت نیز چندان تفاوتی حاصل نمی‌شود؛ چه این معنی بی شبهه، مستلزم مخالَطت (معاشرت)و مصاحبت اهل اسلام با کفار خواهد بود و صحبت را تأثیری غریب است، خصوصا در صورتی که کفار غالبین، صاحب جاه و عزت و بلد و مال و سلطنت و تصرف کامل و محل بیم و امید باشند، و قول ایشان مسموع و امر ایشان نافذ باشد... و اگر هم مسلم داریم عدم خوف از ضعف اعتقاد بر مشایخ کبار در زنان و مردان، شکی نخواهد بود، در خوف بر اطفال و صغار از دخول مذهب فُجّار» (احکام الجهاد و اسباب الرشاد، ص 357)
فتوای شیخ هاشم بسیار قابل تأمل است. هشدار وی نسبت به مکر و فریب موجود در رفتار دشمن که برای آرام کردن مقطعی مردم و به منظور همراهی با سیاست‌های آن‌ها صورت می‌گیرد، نشان می‌دهد که در پس سیاست‌های نرم و پیشنهادهای دوستانه دشمنان امت‌های اسلامی چیزی جز ذلت و خواری وجود ندارد. حال این سیاست به هر منظور که صورت گرفته باشد، هدف از آن تسلط دینی و دنیوی بر منافع سرزمینی و اعتقادات مسلمین و تحقیر شدن آنان و سلطه همه جانبه بر آنهاست.
 شیخ حتی ارتباطات محدود را نیز از آنجا که موجبات تأثیرگذاری سوء در نسل‌های جدیدتر می‌شود هم جایز نمی‌داند و بر هوشیاری و زیرکی نسبت به برخوردهای دشمنان تأکید دارد. آنچه از بررسی فتواهای علمای دوره قاجار درباره جهاد با روس‌ها برداشت می‌شود و نکته مشترک بیشتر این فتواها می‌باشد نگرانی علما از نابودی تدریجی شعائر اسلام است.