اعضای سازمان مجاهدین خلق که در جریان آزادی زندانیان سیاسی در اوایل پیروزی انقلاب از زندان آزاد شده بودند، خود را در پیروزی انقلاب ملت ایران محق میدانستند و با سهمخواهی از انقلاب سعی کردند نفوذ خود را در بین اقشار و طبقات مختلف مردم گسترش دهند. در همین راستا، آنها روزنامه «مجاهد» را برای تغذیه فکری مردم منتشر کردند. این سازمان همچنین سعی کرد تا با تشکیل دستههای نظامی و تشکیلاتی، خود را در مقابل نیروهای انقلابی از جمله شورای انقلاب و دولت موقت، قدرتمند مطرح کند. مجاهدین خلق از همان آغاز به انتقاد از عملکرد دولت در عرصههای اقتصادی، اجتماعی و سیاسی پرداختند.
بعضی اعتراضات نسبت به گسترش نفوذ عقاید انحرافی این سازمان در بین دانشجویان، دانشآموزان و دستههای کارگری و کارگاهها و همچنین، دستگیری برخی از اعضای این گروه از جمله فردی به نام «سعادتی» باعث شد که سازمان آنها را بهانهای برای تحریک جو فکری جامعه بر ضد نظام قرار دهد. مجاهدین همچنین در جریان اختلافنظرهایی که بین سازمانهای انقلابی به وجود میآمد، با حمایت از یک طرف به تحریک طرف مقابل میپرداختند. مثلاً در جریان اختلاف بنیصدر با حزب جمهوری اسلامی بر سر انتخاب نخستوزیر و وزرا، آنها جانب بنیصدر را گرفتند و در میتینگهای انتخاباتی، با ایجاد درگیری بین طرفداران دو طرف، به تخریب چهره مقابل اقدام میکردند. پس از این واقعه، سازمان بر دامنه تلاش خود برای نزدیکشدن به رئیسجمهور افزود و سعی کرد وی را در مقابل حزب جمهوری اسلامی (که عملکرد آن را غیرقابل قبول میدانست) تقویت کند. اینگونه درگیریهای سیاسی در شرایطی که کشور با تجاوز دشمن خارجی مواجه شده بود، توان فکری مسؤولان را تضعیف میکرد. به همین دلیل، امام خمینی (ره) در پاسخ به نامه این سازمان در اردیبهشت 1360 که خواستار حضور فعال در عرصههای اجتماعی و سیاسی شده بود، با بیانی قاطع و صریح و در عین حال دلسوزانه، درخواست کردند که با تحویل سلاحها حسننیت خود را در عمل ثابت کنند. ولی سازمان نهتنها به این خواسته وقعی ننهاد بلکه سعی کرد با جذب بیشتر بنیصدر به سوی خود اهداف خویش را به پیش ببرد. بنیصدر نیز با بیتوجهی به شرایط بحرانی کشور مطامع خود را طلب مینمود و با همراهینکردن حزب جمهوری اسلامی وضعیت کشور را بحرانیتر میکرد. وی در 30 اردیبهشت سال 60 خواستار برگزاری رفراندوم و اخذ نظر مردم در مورد تحولات سیاسی کشور شد. متعاقب این کار، سازمان مجاهدین با حمایت از بنیصدر، نظر وی را تأیید کرد. امام خمینی (ره) با رد این درخواست خواستار حفظ آرامش کشور شدند و در پاسخ به طرفداران رفراندوم که معتقد بودند کشور به بنبست رسیده، پاسخ دادند که «شما به بنبست رسیدید مملکت اسلام که به بنبست نمیرسد».
این درگیریها تا پایان خرداد ادامه یافت. در پی حمایتهای مستمر سازمان از بنیصدر، امام وی را از فرماندهی کل قوا برکنار کرد. مدتی بعد و در اواخر خرداد نیز مجلس شورای اسلامی عدم صلاحیت وی برای ریاست جمهوری را تصویب نمود. امام خمینی نیز سازمان مجاهدین خلق و طرفداران آن را منافقانی دانستند که تشخیص و مبارزه با آنها مشکل است زیرا اعتقادات خود را بهطور صریح بیان نمیکنند، در ظاهر مدافع اسلام هستند ولی با دورویی و نفاق به آن ضربه میزنند. عدم برائت بنیصدر از مجاهدین خلق و تعییننکردن مرزبندی با آنها باعث شد که مردم نیز در حمایت از سخنان امام خمینی به عملکرد رئیسجمهور اعتراض کنند. در نتیجه، جو کشور علیه بنیصدر و سازمان مجاهدین شد و آنها مجبور به خروج از کشور شدند. اما این آغاز دشمنی علنی آنها با نظام جمهوری اسلامی بود. این سازمان با حمایت کشورهایی مانند آمریکا و بسیاری از دولتهای غربی که پیروزی انقلاب اسلامی، دست آنها را از قدرتنمایی در منطقه بازداشته بود، موج ترورهای خود را آغاز کرد و همزمان با مشارکت و همراهی با عراق، بهعنوان مزدور این رژیم، به فعالیت علیه ایران پرداختند. از آنجا که انقلاب در آغاز راه بود و با تحمیل جنگ فرصت بازسازی در بسیاری از عرصهها فراهم نشده بود، این سازمان در ابتدا توانست بسیاری از اهداف نظامی خود را پیش ببرد. اولین درگیریهای مسلحانه با آغاز تابستان سال 60 و انفجار بمبی در سالن راهآهن قم آغاز شد که به شهادت و زخمیشدن چند تن انجامید. پس از آن بمبی در کنار یک مدرسه دخترانه در تهران کشف و خنثی شد. در روز 6 تیر و همزمان با برگزاری نماز جمعه، آیتالله خامنهای امام جمعه تهران، در سخنان خود ضمن ارایه تحليلي از عملكرد سازمان مجاهدين خلق خطاب به سران آن اظهار داشتند: «من سوابق و ضعفهاي آنها را ميدانم و خود آنها ميدانند كه ما به خوبي آنها را ميشناسيم. من ميگويم كه خودتان را در تاريخ رسوا كرديد و حرفهاي خود را تخطئه نموديد... شما اي مجاهدين خلق! مقابله خود را با دولت و حكومت اسلامي به حساب مقابله با ارتجاع ميگذاريد. ارتجاع با منطق اسلام يا منطق كمونيسم؟ ارتجاع در منطق اسلام يعني ارتداد و شماها هستيد كه مرتجعيد». موضعگیریهای آیتالله خامنهای باعث شد که سازمان مجاهدین نسبت به ایشان کینهورزی کنند. آنها برنامه ترور ایشان را از پیش طراحی کرده بودند که به ناکامی انجامید. پس از اعلام این خبر، رهبر انقلاب با ارسال پیامی خرسندی خود از سلامتی آیتالله خامنهای -که نماینده امام در شورای عالی دفاع نیز بودند- را اعلام کردند:
«جناب حجتالاسلام آقای حاج سیدعلی خامنهای دامت افاضاته! خداوند متعال را شکر که دشمنان اسلام را از گروهها و اشخاص احمق قرار داده است و خداوند را شکر که از ابتدای انقلاب شکوهمند اسلامی، هر نقشه که کشیدند و هر توطئه که چیدند و هر سخنرانی که کردند، ملت فداکار را منسجمتر و پیوندها را مستحکمتر نمود و مصداق «لا زال یؤید هذا الدین بالرجل الفاجر» تحقق پیدا کرد. اینان هرجا سخن گفتند، خود را رسواتر کردند و هر چه مقاله نوشتند، ملت را بیدارتر نمودند، و هر چه شخصیتها را ترور نمودند، قدرت مقاومت را در صفوف فشرده ملت بالاتر بردند. اكنون دشمنان انقلاب با سوءقصد به شما كه از سلاله رسول اكرم (ص) و خاندان حسين بن علي (ع) هستيد و جرمي جز خدمت به اسلام و كشور اسلامي نداريد و سربازي فداكار در جبهه جنگ و معلمي آموزنده در محراب و خطيبي توانا در جمعه و جماعات و راهنمايي دلسوز در صحنه انقلاب ميباشيد، ميزان تفكر سياسي خود و طرفداري از خلق و مخالفت با ستمگران را به ثبت رساندند. اينان با سوءقصد به شما عواطف ميليونها انسان متعهد را در سراسر كشور بلكه جهان جريحهدار نمودند. اينان آن قدر از بينش سياسي بينصيبند كه بيدرنگ پس از سخنان شما در مجلس و جمعه و پيشگاه ملت به اين جنايات دست زدند و به كسي سوءقصد كردند كه آواي دعوت او به صلاح و سداد در گوش مسلمين جهان طنينانداز است. اينان در عمل غيرانساني به جاي برانگيختن رعب، عزم ميليونها مسلمان را مصممتر و صفوف آنان را فشردهتر نمودند. ...من به شما خامنهاي عزيز، تبريك ميگويم كه در جبهههاي نبرد با لباس سربازي و در پشت جبهه با لباس روحاني به اين ملت مظلوم خدمت نموده و از خداوند تعالي سلامت شما را براي ادامه خدمت به اسلام و مسلمين خواستارم».
فردای وقوع این فاجعه و در روز 7 تیر، منافقین هدف تروریستی دیگری را دنبال کردند و با انفجار دفتر حزب جمهوری اسلامی کینه خود نسبت به آیتالله دکتر بهشتی و اعضای این حزب را عملی نمودند. در این انفجار دکتر بهشتی و 72 تن از همراهانشان شهید شدند که موجب تأثر شدید امام خمینی و تمام مردم شد. اما دشمنی منافقین تنها نسبت به مسؤولان نبود و این سازمان با بمبگذاری در اماکن عمومی و کشتار مردم، بدخواهی خود را نسبت به مردم نیز ثابت کرد.
سازمان مجاهدین خلق که در جریان آزادی زندانیان سیاسی در اوایل پیروزی انقلاب از زندان آزاد شده بودند، خود را در پیروزی انقلاب ملت ایران محق میدانستند و با سهمخواهی از انقلاب سعی کردند نفوذ خود را در بین اقشار و طبقات مختلف مردم گسترش دهند. در همین راستا، آنها روزنامه «مجاهد» را برای تغذیه فکری مردم منتشر کردند. این سازمان همچنین سعی کرد تا با تشکیل دستههای نظامی و تشکیلاتی، خود را در مقابل نیروهای انقلابی از جمله شورای انقلاب و دولت موقت، قدرتمند مطرح کند. مجاهدین خلق از همان آغاز به انتقاد از عملکرد دولت در عرصههای اقتصادی، اجتماعی و سیاسی پرداختند. بعضی اعتراضات نسبت به گسترش نفوذ عقاید انحرافی این سازمان در بین دانشجویان، دانشآموزان و دستههای کارگری و کارگاهها و همچنین، دستگیری برخی از اعضای این گروه از جمله فردی به نام «سعادتی» باعث شد که سازمان آنها را بهانهای برای تحریک جو فکری جامعه بر ضد نظام قرار دهد. مجاهدین همچنین در جریان اختلافنظرهایی که بین سازمانهای انقلابی به وجود میآمد، با حمایت از یک طرف به تحریک طرف مقابل میپرداختند. مثلاً در جریان اختلاف بنیصدر با حزب جمهوری اسلامی بر سر انتخاب نخستوزیر و وزرا، آنها جانب بنیصدر را گرفتند و در میتینگهای انتخاباتی، با ایجاد درگیری بین طرفداران دو طرف، به تخریب چهره مقابل اقدام میکردند. پس از این واقعه، سازمان بر دامنه تلاش خود برای نزدیکشدن به رئیسجمهور افزود و سعی کرد وی را در مقابل حزب جمهوری اسلامی (که عملکرد آن را غیرقابل قبول میدانست) تقویت کند. اینگونه درگیریهای سیاسی در شرایطی که کشور با تجاوز دشمن خارجی مواجه شده بود، توان فکری مسؤولان را تضعیف میکرد. به همین دلیل، امام خمینی (ره) در پاسخ به نامه این سازمان در اردیبهشت ۱۳۶۰ که خواستار حضور فعال در عرصههای اجتماعی و سیاسی شده بود، با بیانی قاطع و صریح و در عین حال دلسوزانه، درخواست کردند که با تحویل سلاحها حسننیت خود را در عمل ثابت کنند. ولی سازمان نهتنها به این خواسته وقعی ننهاد بلکه سعی کرد با جذب بیشتر بنیصدر به سوی خود اهداف خویش را به پیش ببرد. بنیصدر نیز با بیتوجهی به شرایط بحرانی کشور مطامع خود را طلب مینمود و با همراهینکردن حزب جمهوری اسلامی وضعیت کشور را بحرانیتر میکرد. وی در ۳۰ اردیبهشت سال ۶۰ خواستار برگزاری رفراندوم و اخذ نظر مردم در مورد تحولات سیاسی کشور شد. متعاقب این کار، سازمان مجاهدین با حمایت از بنیصدر، نظر وی را تأیید کرد. امام خمینی (ره) با رد این درخواست خواستار حفظ آرامش کشور شدند و در پاسخ به طرفداران رفراندوم که معتقد بودند کشور به بنبست رسیده، پاسخ دادند که «شما به بنبست رسیدید مملکت اسلام که به بنبست نمیرسد». این درگیریها تا پایان خرداد ادامه یافت. در پی حمایتهای مستمر سازمان از بنیصدر، امام وی را از فرماندهی کل قوا برکنار کرد. مدتی بعد و در اواخر خرداد نیز مجلس شورای اسلامی عدم صلاحیت وی برای ریاست جمهوری را تصویب نمود. امام خمینی نیز سازمان مجاهدین خلق و طرفداران آن را منافقانی دانستند که تشخیص و مبارزه با آنها مشکل است زیرا اعتقادات خود را بهطور صریح بیان نمیکنند، در ظاهر مدافع اسلام هستند ولی با دورویی و نفاق به آن ضربه میزنند. عدم برائت بنیصدر از مجاهدین خلق و تعییننکردن مرزبندی با آنها باعث شد که مردم نیز در حمایت از سخنان امام خمینی به عملکرد رئیسجمهور اعتراض کنند. در نتیجه، جو کشور علیه بنیصدر و سازمان مجاهدین شد و آنها مجبور به خروج از کشور شدند. اما این آغاز دشمنی علنی آنها با نظام جمهوری اسلامی بود. این سازمان با حمایت کشورهایی مانند آمریکا و بسیاری از دولتهای غربی که پیروزی انقلاب اسلامی، دست آنها را از قدرتنمایی در منطقه بازداشته بود، موج ترورهای خود را آغاز کرد و همزمان با مشارکت و همراهی با عراق، بهعنوان مزدور این رژیم، به فعالیت علیه ایران پرداختند. از آنجا که انقلاب در آغاز راه بود و با تحمیل جنگ فرصت بازسازی در بسیاری از عرصهها فراهم نشده بود، این سازمان در ابتدا توانست بسیاری از اهداف نظامی خود را پیش ببرد. اولین درگیریهای مسلحانه با آغاز تابستان سال ۶۰ و انفجار بمبی در سالن راهآهن قم آغاز شد که به شهادت و زخمیشدن چند تن انجامید. پس از آن بمبی در کنار یک مدرسه دخترانه در تهران کشف و خنثی شد. در روز ۶ تیر و همزمان با برگزاری نماز جمعه، آیتالله خامنهای امام جمعه تهران، در سخنان خود ضمن ارایه تحليلي از عملكرد سازمان مجاهدين خلق خطاب به سران آن اظهار داشتند: «من سوابق و ضعفهاي آنها را ميدانم و خود آنها ميدانند كه ما به خوبي آنها را ميشناسيم. من ميگويم كه خودتان را در تاريخ رسوا كرديد و حرفهاي خود را تخطئه نموديد... شما اي مجاهدين خلق! مقابله خود را با دولت و حكومت اسلامي به حساب مقابله با ارتجاع ميگذاريد. ارتجاع با منطق اسلام يا منطق كمونيسم؟ ارتجاع در منطق اسلام يعني ارتداد و شماها هستيد كه مرتجعيد». موضعگیریهای آیتالله خامنهای باعث شد که سازمان مجاهدین نسبت به ایشان کینهورزی کنند. آنها برنامه ترور ایشان را از پیش طراحی کرده بودند که به ناکامی انجامید. پس از اعلام این خبر، رهبر انقلاب با ارسال پیامی خرسندی خود از سلامتی آیتالله خامنهای -که نماینده امام در شورای عالی دفاع نیز بودند- را اعلام کردند: «جناب حجتالاسلام آقای حاج سیدعلی خامنهای دامت افاضاته! خداوند متعال را شکر که دشمنان اسلام را از گروهها و اشخاص احمق قرار داده است و خداوند را شکر که از ابتدای انقلاب شکوهمند اسلامی، هر نقشه که کشیدند و هر توطئه که چیدند و هر سخنرانی که کردند، ملت فداکار را منسجمتر و پیوندها را مستحکمتر نمود و مصداق «لا زال یؤید هذا الدین بالرجل الفاجر» تحقق پیدا کرد. اینان هرجا سخن گفتند، خود را رسواتر کردند و هر چه مقاله نوشتند، ملت را بیدارتر نمودند، و هر چه شخصیتها را ترور نمودند، قدرت مقاومت را در صفوف فشرده ملت بالاتر بردند. اكنون دشمنان انقلاب با سوءقصد به شما كه از سلاله رسول اكرم (ص) و خاندان حسين بن علي (ع) هستيد و جرمي جز خدمت به اسلام و كشور اسلامي نداريد و سربازي فداكار در جبهه جنگ و معلمي آموزنده در محراب و خطيبي توانا در جمعه و جماعات و راهنمايي دلسوز در صحنه انقلاب ميباشيد، ميزان تفكر سياسي خود و طرفداري از خلق و مخالفت با ستمگران را به ثبت رساندند. اينان با سوءقصد به شما عواطف ميليونها انسان متعهد را در سراسر كشور بلكه جهان جريحهدار نمودند. اينان آن قدر از بينش سياسي بينصيبند كه بيدرنگ پس از سخنان شما در مجلس و جمعه و پيشگاه ملت به اين جنايات دست زدند و به كسي سوءقصد كردند كه آواي دعوت او به صلاح و سداد در گوش مسلمين جهان طنينانداز است. اينان در عمل غيرانساني به جاي برانگيختن رعب، عزم ميليونها مسلمان را مصممتر و صفوف آنان را فشردهتر نمودند. ...من به شما خامنهاي عزيز، تبريك ميگويم كه در جبهههاي نبرد با لباس سربازي و در پشت جبهه با لباس روحاني به اين ملت مظلوم خدمت نموده و از خداوند تعالي سلامت شما را براي ادامه خدمت به اسلام و مسلمين خواستارم». فردای وقوع این فاجعه و در روز ۷ تیر، منافقین هدف تروریستی دیگری را دنبال کردند و با انفجار دفتر حزب جمهوری اسلامی کینه خود نسبت به آیتالله دکتر بهشتی و اعضای این حزب را عملی نمودند. در این انفجار دکتر بهشتی و ۷۲ تن از همراهانشان شهید شدند که موجب تأثر شدید امام خمینی و تمام مردم شد. اما دشمنی منافقین تنها نسبت به مسؤولان نبود و این سازمان با بمبگذاری در اماکن عمومی و کشتار مردم، بدخواهی خود را نسبت به مردم نیز ثابت کرد.
نظر شما