پساب کشف رود یک معضل بزرگ برای شهر مشهد شده به طوری که سال‌هاست این مشکل حل نشده روی زمین مانده زیرا میزان فاضلاب آن با تصفیه خانه‌هایی با ظرفیت کم جوابگو نیست و بعضی‌ها پمپ‌ها را مستقیماً به داخل کشف رود انداخته و فاضلاب خالص را به مزرعه انتقال می‌دهند و صیفی‌جات آلوده را تحویل مردم می‌دهند و انواع کشت در این محدوده انجام می‌شود که سرطان برای جامعه به ارمغان آورده است. کمبود تصفیه‌خانه یکی از معضلات کشف‌رود است. حدود 20 سال است که این رودخانه دستخوش تجاوز انسان شده و هم اینک فاضلابهای آلاینده صنعتی، خدماتی و خانگی به کشف رود ریخته و زمینها کشاورزی اطراف آن نیز با همین آب آلوده آبیاری می شوند.