علامه در پنج‌سالگی مادر خود را از دست داد و در نه‌سالگی یتیم شد. کودکی او در خانواده‌ای سپری شد که چندان هم‌سو با روح لطیف و علمی‌اش نبود، اما از همان دوران مکتب‌خانه در فراگیری و لذت از علم نشانه‌هایی از درخشش در او دیده می‌شد. با این‌همه، وقتی در پانزده سالگی وارد حوزه شد، خود اعتراف می‌کند که «نه می‌فهمیدم و نه انگیزه داشتم». جرقه‌ی بیداری علمی او با توسل آغاز شد؛ از آن پس با رغبت به تحصیل ادامه داد و در پرتو تلاش پیگیر، راه رشد را گشود.

سفر ده‌ساله‌اش به نجف نقطه‌ی اوج معرفتی بود که او را برای درک عمیق فلسفه اسلامی و انس با قرآن آماده کرد. در سی‌وسه سالگی به زادگاهش تبریز بازگشت و مدتی به کشاورزی و زندگی آرام خانوادگی پرداخت، اما روح جست‌وجوگرش در فضای غیرعلمی تبریز آرام نگرفت. ده سال بعد، همه‌ی رفاه خود را رها کرد و راهی قم شد؛ مسیری که سرآغاز فقر و سختی، اما شکوفایی بی‌بدیل علمی شد.

در قم نخست به تدریس فقه پرداخت، ولی به‌زودی دریافت مشکل حوزه در کمبود فلسفه و تفسیر است. تدریس فلسفه‌اش با مخالفت‌هایی حتی از مراجع بزرگ روبه‌رو شد، تا آنجا که آیت‌الله بروجردی از او خواست فلسفه نگوید. اما علامه با درایت پذیرفت و تدریس شفا و اشارات را آغاز کرد تا با تفاهم پیش برود. هم‌زمان، نگاه ژرفش به قرآن او را به مسیری تازه کشاند: تفسیر قرآن به قرآن. روشی که بر پایه‌ی سنت اهل بیت(ع) بنا داشت؛ آیه‌ای را به معنای آیه‌ی دیگر می‌فهمید و از درون قرآن به قرآن راه می‌گشود.

علامه ابتدا قصد نگارش شرحی بر روایات بحارالأنوار داشت و حتی حواشی او بر آن اثر موجود است، اما این کار ناتمام ماند و تمرکز او معطوف به تفسیر شد. ثمره‌ی بیست سال پژوهش و تدریس بی‌وقفه‌اش، تفسیر سترگ المیزان بود؛ تفسیری که بسیاری آن را مهم‌ترین اثر قرآنی شیعه در یک قرن اخیر می‌دانند. شاگردان روایت کرده‌اند که هنگام قرائت آیات، چشمانش پر از اشک می‌شد و زیر کرسی سر فرو می‌برد تا کسی گریه‌اش را نبیند؛ گریه‌ای نه از اندوه که از شهود حقیقت.

در کنار المیزان، اثر دیگر او اصول فلسفه و روش رئالیسم است که به‌تنهایی نوشته شد و با شرح شهید مطهری به مجموعه‌ای ماندگار بدل گشت. مطهری خود گفته بود برای توضیح اندیشه‌های علامه «تا مرگ تلاش کردم».

اما آنچه جوهره‌ی اندیشه علامه است، همان محور عقل و تعقل در دین است. به تعبیر قرآن، خدا بشارت می‌دهد به آنان که می‌شنوند و می‌اندیشند. عقل، شاخص علم است و علم بی‌تعقل دانشی بی‌ثمر. علامه می‌خواست دینداری را از سطح عادت و تقلید به مرتبه‌ی آگاهی و درک تبدیل کند.

اگر امروز در عصر وفور داده‌ها و سیل اطلاعات مجازی زندگی می‌کنیم، پرسش اساسی همچنان پابرجاست: از این انبوه داده‌ها، چه مقدار به «علم و فهم» می‌انجامد؟ آگاهی‌های سطحی فضای مجازی بی‌محابا جای تعقل را گرفته و نظام تشخیص را سست کرده است. هوش مصنوعی، اگرچه ابزار نیرومندی است، اما می‌تواند مرز میان حق و باطل را چنان باریک سازد که جز به نیروی عقل و ایمان نتوان راه درست را دید.

در دنیایی که بسیاری از باورها زیر موج تردید می‌رود، سخن علامه طباطبایی هنوز طراوت دارد: راه رهایی، تعقل است. تفسیر المیزان، حاصل عمر اوست و یادگار دعوتی که می‌گفت: بیندیش تا مؤمن بمانی.