آیت‌الله سیدجواد خامنه‌ای پس از عمری سراسر زهد و پرهیزکاری و اخلاص، در ۱۵ تیر ۱۳۶۵ در مشهد مقدس دار فانی را وداع گفتند. محل دفن ایشان رواق توحیدخانه (رواق پشت سر) است.