وقتی حمید درخشان به خاطر نتایج بسیار ضعیفی که به دست آورد، از سوی محمدحسین نژادفلاح و با کمک‌های مالی حسین هدایتی از نیمکت پرسپولیس کنار زده شد، برانکو ایوانکویچ خودش را به تهران رساند و هدایت سرخ‌ها را به دست گرفت. حضور برانکو مصادف شد با حذف حسین عبدی از کادرفنی پرسپولیس و حضور باقری به عنوان دستیار.

کریم باقری که دلش می‌خواست با او مثل یک پیشکسوت واقعی رفتار شود، به دنبال عقد یک قرارداد 400  میلیون تومانی بود. طاهری و عبدی بنا به دلایلی که داشتند، چند باری با این درخواست مخالفت کردند، اما وقتی متوجه پافشاری برانکو شدند، به باقری اطلاع دادند برای عقدقرارداد به دفتر باشگاه برود.

باقری نه تنها برای این کار عازم باشگاه نشد، بلکه حتی پرسپولیسی‌ها را در سفر به اردوی تدارکاتی ترکیه نیز همراهی نکرد. دلیل غیبت‌های او در یک مصاحبه مطبوعاتی بیان شد: «من از باشگاه پرسپولیس بابت فصل قبل و همین طور فصل سیزدهم مبلغ قابل توجهی را طلبکارم. البته با مسؤولان باشگاه درباره دریافت مطالباتم صحبت کردند، اما آن‌ها فقط بلدند شعار بدهند.» و این نخستین سکانس از درگیری‌های بین او و طاهری بود. طاهری که از این ماجرا شوکه شده بود، سعی کرد آرامش خود را حفظ کرده و با استفاده از اهرم‌های دیگر بخصوص شخص برانکو، کریم را پای قرارداد کشاند. باقری قراردادش را ثبت کرد، اما چون مدرک مربیگری A آسیا نداشت، از سوی باشگاه کارت مربیگری برایش صادر نشد. در واقع برای باقری  کارت عضو تدارکات صادر شد تا او بتواند روی نیمکت با این عنوان در کنار برانکو بنشیند! البته ژنرال که نمی توانست این توهین را بپذیرد، بابت این مسأله به مسؤولان باشگاه معترض شد و آن‌ها بدون سر و صدا و با عجله زیاد، به اشتباه شان پی برده و کارت باقری را عوض کردند تا او مربی بماند، نه تدارکات تیم!

دومین جریان، در روز اعتصاب پرسپولیسی‌ها رقم خورد. وقتی کریم باقری به طرفیت از بازیکنان، مصاحبه تندی علیه طاهری انجام داد و به طور مستقیم گفت: «آقای سرپرست باشگاه! اگر نمی توانی پول بیاوری، استعفا بده و برو تا شاید فرد دیگری بیاید و بتواند این کار را انجام بدهد.» این مصاحبه تند البته تا 5، 6 روز با همین ادبیات ادامه یافت تا سرانجام طاهری واکنش نشان داده و بگوید: «من با حکم کریم باقری به باشگاه نیامدم که با انتقادهای او از پرسپولیس بروم.» آن زمان قرار شد باقری به کمیته انضباطی باشگاه معرفی شود، اما واکنش سریع هواداران و افزایش انتقادهایشان از طاهری سبب شد سرپرست باشگاه از احضار باقری به کمیته انضباطی پرسپولیس در آن مقطع منصرف شود.

البته این پایان کار نبود. دو روز مانده به دربی، طاهری مسأله دیگری را پیش کشید. از جمله اینکه: «چرا شما پیراهن اسپانسر را به تن نمی‌کنید؟» که باقری پاسخ داد: «شاید شما از قانون بی اطلاع باشید، اما من مربی هستم و می‌توانم به صورت شخصی با هر اسپانسری که دلم خواست، قرارداد داشته باشم.» طاهری دیگر هیچ بهانه برای انتقاد از باقری نداشت و مجبور شد، جلسه را به اتمام برساند. با این اتفاق، جریان‌هایی که علیه باقری وجود داشت، «فعلاً» خنثی شد.