در حال حاضر در گنجینه کتاب‌های خطی این کتابخانه بیش از دو هزار و 600 نسخه در موضوع تاریخ به زبان‌های فارسی و عربی، نگهداری می‌شود.
در برخی از این آثار تمام کتاب و بعضی دیگر، بخشی از آن‌ها به شرح و تبیین مباحث مختلف تاریخ اسلام و همچنین سیره و سرگذشت‌ حضرت محمد مصطفی(ص) و سایر ائمه معصومین(ع)،پرداخته شده است.

کتاب معارج‌النبوه فی مدارج الفتوه

کتاب «معارج ‌النبوه فی مدارج الفتوه» به شماره (25667)، به‌عنوان یکی از نسخه‌های خطی که در شرح احوال پیامبر اکرم(ص) و بعثت ایشان نوشته شده است، نام برد و گفت: این کتاب به زبان فارسی و از تألیفات معین‌الدین محمد بن ‌شرف‌الدین فراهی معروف به «مسکین(907 یا 909 قمری)» است که در دی‌ماه 1377 توسط زین الدین جعفر زاهدی، وقف روضه رضویه، شده است.
این کتاب دربردارنده مقدمه و چهار رکن است چنان‌که مقدمه آن شامل پنج فصل در ستایش حضرت باری تعالی و اوصاف نبی اکرم(ص) است.
رکن اول اثر شامل سرگذشت پیامبران پیشین و شمایل پیامبر اسلام(ص) در 8 باب، رکن دوم: زندگانی پیامبر(ص) از ولادت تا بعثت در هفت باب، رکن سوم: ماجرای بعثت تا هجرت در پنج باب و رکن چهارم: ماجرای هجرت تا رحلت در چهار باب و چند فصل است،در بخش خاتمه اثر نیز به معجزات حضرت محمد(ص)، پرداخته شده است.

این نسخه در اوایل قرن دوازدهم هجری قمری و به‌خط نستعلیق بر روی 244 برگ کاغذ 19 سطری از جنس نخودی آهار مهره، در ابعاد 24 در 5/17 سانتی‌متر کتابت و با تیماج مشکی مجلد شده است، همچنین عناوین آن به شنگرف و برخی از اوراق آن وصالی‌شده است.

کتاب السیره الحلبیه

کتاب «انسان العیون فی سیره الامین» یا «السیره الحلبیه» تألیف علی بن ابراهیم حلبی (975-1044 قمری)، از دیگر نسخه‌های بسیار نفیس موجود در کتابخانه آستان قدس رضوی، است که دربردارنده مطالب مربوط به سیره، نسب، اخبار و افعال حضرت محمد مصطفی(ص) است.
در حال حاضر قدیمی‌ترین نسخه خطی این اثر در ایران در کتابخانه آستان قدس رضوی به شماره (17844) نگهداری می‌شود. این نسخه در سال 1099 قمری توسط اسماعیل قصری مالکی، به‌خط نسخ، در کاغذ شکری 31 سطری، کتابت شده است.
گفتنی است، کتابخانه مرکزی حرم مطهر رضوی به‌عنوان یکی از بزرگترین کتابخانه‌های جهان اسلام دارای کتاب‌های بسیار ارزشمندی از نظر قدمت، منحصربه‌فرد بودن و آرایه‌های هنری در موضوعات اخبار، ادعیه، ادبیات، تفسیر، تجوید، حکمت، کلام، تاریخ، جغرافیا، منطق، فقه، لغت، صرف و نحو و اخلاق است.