مهمترین واقعه دوران مأموریت طولانی [جاستین] شیل در ایران، آغاز سلطنت ناصرالدین‌شاه و صدارت میرزا تقی‌خان امیرکبیر و سپس عزل و قتل اوست؛ شیل از آغاز صدارت امیرکبیر بواسطه اعمال قدرت و روش اصولی او، با صدراعظم جدید اختلافاتی پیدا کرد. این اختلاف ابتدا بر سر انعقاد قرارداد مورد نظر انگلستان در باب غلام و کنیز سیاه رخ داد؛ زیرا انگلیسی‌ها می‌خواستند در پوشش مقاصد [به ظاهر] انسانی و مبارزه با تجارت برده، حق تفتیش کشتی‌های ایرانی یا کشتی‌های عازم بنادر ایران را در خلیج فارس به دست آورند و امیر با اجازه تفتیش کشتی‌های ایرانی که مغایر استقلال و حاکمیت ملی ایران بود، مخالفت می‌کرد. اختلاف دیگر امیرکبیر با وزیر مختار انگلیس بر سر مداخلات استیونسن، سرکنسول انگلیس در تبریز روی داد.

یکی از این موارد دخالت‌های بی‌جای استیونسن در کار ارامنه تبریز به عنوان حفظ حقوق مسیحیان بود که امیر پس از صدور دستور اکید به محمدرضاخان فراهانی، وزیر وقت آذربایجان، درباره جلوگیری از این مداخلات به شیل وزیر مختار انگلیس نوشت: «نظر به مصالح چند از مقتضیات ملکیه به وزیر آذربایجان دستور رفت که نه عالیجاه موسی استیونسن قونسول دولت بهیه انگلیس نه دیگری از منتسبان دول سایره باید مداخله در کار ارامنه تبعه دولت ابد مدت داشته باشد... لهذا مجدداً به جناب سامی زحمت میدهیم که آن جناب هم به عالیجاه قنسول بنویسد که چون اینگونه کارها از امور داخله این دولت علیه است و مقتضی مصالح ملکیه نیست که دیگری مداخله نماید لهذا از قرار حکم محکم اعلیحضرت ... مداخله در امور ارامنه تبریز ننماید.»

این طرز رفتار و ابراز قدرت و شخصیت امیرکبیر بر جناب شیل گران آمد و بطور مستقیم و غیرمستقیم در تحریکاتی که از طرف مهدعلیا مادر ناصرالدین‌شاه علیه امیر صورت می‌گرفت شرکت جست. مهدعلیا برای جانشینی امیرکبیر از میرزاآقاخان نوری (اعتمادالدوله) که از زمان صدارت حاجی میرزا آقاسی با سفارت انگلیس رابطه داشت، حمایت میکرد. پس از آن‌که امیرکبیر با دسیسه و نیرنگ از کار برکنار گردید و میرزا آقاخان نوری با چنین سوابقی جانشین وی شد، ناصرالدین‌شاه به او گفت که در مقام صدراعظمی ایران نمی‌تواند تحت‌الحمایه دولت انگلیس باشد. بطوری که لیدی شیل، خانم وزیر مختار انگلیس در خاطرات خود نوشته است، شاه به میرزا آقاخان ابلاغ کرد باید میان صدارت و تحت الحمایگی سفارت انگلیس یکی را انتخاب نماید. میرزا آقاخان به سفارت پیغام داد و مصلحت‌جویی کرد. پاسخ شنید حمایت دولت انگلیس بر تاج کیانی برتر است اما تصمیمش بر قبول صدارت بود.»

دو قرن نیرنگ: داستان تلخ سیاست استعماری انگلستان در ایران، محمود طلوعی، تهران، نشر علم، ۱۳۸۰، ص۷۵-۷۶