بنا به گواهی اسناد باقی مانده و شهادت شاهدین، شهید بهشتی را باید از برجسته ترین مدیران بزرگ نظام اسلامی در تاریخ معاصر ایران دانست، چنانچه شاید یکی از دلایل موفقیت این شهید بزرگوار در عرصه مدیریت ویژگی هایی باشد که ایشان داشته است، چنانچه علی باقی نصرآبادی عضو هیئت علمی پژوهشکده تحقیقات اسلامی آنان را چنین ذکر می کند.
تقوا: از آثار مهم ایمان و از لوازم اصلی برقراری مناسبات صحیح انسانی است. آنچه در سرلوحه روحیات و منش یک مدیر اسلامی قرار دارد، متقی بودن وی است، زیرا اگر تقوای الهی به راستی شناخته شده و به درستی مراعات گردد، بی شک همه فضیلت های روحی دیگری هم که مدیر باید دارا باشد حاصل خواهد شد. تقوا یعنی حالت مراقبت و خودنگهداری که فرد در عین رفتن به کام محیط های پرخطر، به یاری آن از افتادن به ورطه های هلاکت و تباهی مصون باشد. مدیر با داشتن چنین خصیصه روحی است که در عین پر مسئله بودن امر مدیریت و وجود لغزشگاه های فراوان در آن مسیر، می تواند به شایستگی و سلامت از سقوط در پرتگاه ها و لغزش در سراشیبی های آن مصونیت یابد. همه کسانی که با شهید بهشتی آشنا بودند به تقوای او گواهی می دهند. تقوا، ایمان، اخلاص و روح تعبد در وجود او رسوخ یافته بود. مقام معظم رهبری در این باره می فرمایند:
این مرد، شخصیتی شدیداً معتقد و متعبّد بود، یعنی دین و شریعت را به درستی از بن دندان قبول داشت. با کمال خلوص و صمیمیت عامل به شرع و معتقد به دین بود. از تظاهر و ریاکاری و از کارهایی که خلاف صمیمیت و خلوص است شدیداً روی گردان بود... و از هر کسی که دارای این صفات بود بَدَش می آمد.

خلق نیکو: انسان های بزرگ با برخورد و خلق و خوی بزرگشان از دیگران متمایز می شوند. حسن خلق و گشاده رویی از بارزترین صفاتی است که در معاشرت های اجتماعی باعث نفوذ محبت شده و در تأثیر سخن اثری شگفت انگیز دارد. به همین جهت خدای تبارک و تعالی پیامبران و سفیران خود را انسان هایی عطوف و مهربان قرار داد تا بهتر بتوانند در مردم اثر گذارند و آنان را به سوی خود جذب نمایند. اخلاق حسنه، بویژه در سختی ها و ناملایمات سیاست عملی مدیر است دکتر غلامعلی حداد عادل در این باره می گوید:
بهشتی هم خوش خلق بود و هم با اخلاق. گشاده رویی، مهربانی محبت و صمیمیت او زبانزد بود... و با اخلاق حسنه و رفتار خود به ما درس می داد.

سعه صدر: یکی از ابزار بسیار مؤثر مدیریت سعه صدر است. چنانکه حضرت علی (ع) می فرماید: ابزار مدیریت شرح صدر و گشایش سینه است.
شرح صدر موهبتی است که به هنگام بعثت پیامبران از جانب خداوند به آنان عطا می گردد، زیرا بدونِ شرحِ صدر نمی توان بر مسند مدیریت امت نشست و مشکلات توان فرسای هدایت را تحمل کرد. مدیری که شرح صدر نداشته باشد هرگز قادر به انجام مسئولیت نیست، اما مدیری که از نعمت سعه صدر در مدیریت برخوردار است، مسئولیت را مایه تکبر نمی سازد، رنج ها و سختی ها را در مسیر مسئولیت تحمل می کند. بنابراین مدیر موفق، مدیری است که با سعه صدر، همه آرا و نظرات را بشنود، آنگاه تصمیم بگیرد، زیرا در این صورت است که حق به صورت شفاف برایش روشن می شود. شهید دکتر بهشتی با مجموعه ای از ویژگی های خاص روحی در برابر حملات سخت دشمنان اسلام و انقلاب که در رأس آنان بنی صدر و تشکیلات منافقین قرار داشتند مقاومت می نمود. یکی از این ویژگی هایی که شهید بهشتی از آن در مبارزه با خصم کینه توز استفاده شایانی بُرد و همچون سلاحی بسیار کارساز در صحنه های نبرد از آن بهره جویی نمود، سعه صدر بود. در این باره مرحوم آیة الله ربانی املشی می گوید:
مهمترین چیزی که جلب توجه من را می کرد و برای من فراموش نشدنی است همین مسئله است که بهشتی سعه صدر پیامبران را داشت و من از سعه صدر او پی می بردم که چگونه افراد برگزیده در مقابل ناملایمات می توانند تحمل و ایستادگی کنند. در مجلس خبرگان این مسئله کاملاً مشهود بود و حتی به یاد دارم با پرخاشگری هایی که از طرف افراد لیبرال و جریان مخالف نسبت به ایشان می شد که گاهی از اوقات برادران و دوستان ایشان را از کوره به در می برد... کسانی که در مجلس خبرگان نسبت به بهشتی توهین می کردند و جسارت هایی روا می داشتند، ولی این مرد بزرگوار، کوچک ترین انعکاس نامناسبی از خود هرگز نشان نداد.
آیة الله جوادی آملی در این باره چنین می گوید:
تهمت ها را تحمل می کرد. برای پیاده شدن اسلام در همه ابعادش توهین ها را تحمل می کرد، سرزنش را، دشنام ها را که هر کدام به نوبه خود زخم کاری بودند با روح بردباری که داشت این بار انقلاب را با تحمل و حلمش می برد.

نظم: نظم و انضباط از مهمترین و برجسته ترین رازهای پیروزی و موفقیت مردان بزرگ است. نظم و برنامه، سامان دهنده زندگی و انسان برای رسیدن به اهداف بزرگ است. عمل به برنامه صحیح انسان را منظم متعهد و معتقد به آنچه را که انجام می دهد می نماید و این راهی است که مردان بزرگ تاریخ آن را پیموده اند. یکی از مهم ترین عوامل توفیق شهید دکتر بهشتی در زمینه های مختلف زندگی، انجام همه کارها براساس نظم بود. نظم شهید بهشتی حتی بر زندگی خانوادگی و روابط دوستانه ایشان نیز سایه افکنده بود. اما آنچه بیش از همه تحت سیطره برنامه منظم ایشان قرار داشت کارها و مسئولیت های اجتماعی این مدیر لایق و شایسته بود. شهید بهشتی در مسئولیت های کوچک و بزرگی که در سال های قبل و بعد از پیروزی انقلاب و برپایی نظام جمهوری اسلامی بر عهده داشت، هیچ گاه نظم را فراموش نکرد. مقام معظم رهبری در این زمینه می فرمایند:
واقعاً وقتی شهید بهشتی می گفتند نظم، انسان نظم را در وجود خودشان متجلی می دید. یکی از ثمرات نظمی که شهید بهشتی از آن برخوردار بود توفیق چشمگیر انسان در عمل به وعده هایی بود که چه در حوزه مدیریت و چه در جامعه به عنوان یک روحانی سرشناس و صاحب نفوذ به مردم می داد. تلاش بی وقفه برای پیگیری کارها تا رساندن به مرحله عمل به منظور جلوگیری از خلف وعده، بخش عمده ای از زندگی شهید بهشتی را تشکیل می داد و به برکت همین تلاش ها بود که معمولاً توفیق عمل به وعده ها نیز نصیب این مدیر فرزانه می شد.
شجاعت: از دیگر صفاتی که در موفقیت مدیر مؤثر است و به عنوان قدرت شخصی وی می تواند مطرح شود، شجاع بودن اوست. کسانی که دارای این صفت ارزشمند باشند و در برابر دشنمان شجاعت نشان داده، ترس و اضطراب به خود راه ندهند، بالطبع می توانند تحسین دیگران را برانگیزانند و همه را به بزرگواری خود معترف نمایند. مقام معظم رهبری می فرمایند:
از خصوصیات بارز آقای بهشتی که می توان جزو خصوصیات ذاتی ایشان به حساب آورد، شجاعت وی بود. او آدم شجاعی بود که از برخورد واهمه نداشت. در حقیقت ارزش این روحیه شهید بهشتی در آن بود که او شجاعت برخورد با بدی ها و کجی ها را داشت.

قاطعیت: قاطعیت و پرهیز از شک و تردید، از لوازم و شرایط اصلی موفقیت مدیریت است. این نکته نقش مهمی در حل و فصل امور و موفقیت سازمان، در انجام دادن وظایف و مأموریت های خود و دستیابی به اهداف از پیش تعیین شده دارد. درست است که مدیر قبل از تصمیم گیری و اقدام عملی، بویژه در مسائل مهم و حیاتی، باید تأمل کند و به دقت تمام زوایای آن را سنجیده و جوانب مختلف آن را مورد بررسی دقیق قرار دهد، ولی بعد از بررسی جوانب گوناگون قضیه و مشورت با صاحب نظران قاطعیت در اتخاذ تصمیم و اجرای آن نیز ضرورت دارد.
حاکمیت ضوابط بر عملکردها و بهادادن به روابط تا جایی که به ضوابط خدشه ای وارد نشود از ویژگی های بارز شهید بهشتی در میدان عمل مدیریت بود. ایشان برای انسان ها ارزش زیادی قائل بودند و این ارزش را در آزاداندیشی و عملکرد منضبط براساس معیارهای روشن و متکی بر اصول می دانستند. از دیدگاه شهید بهشتی عمل به ضابطه همراه با قاطعیت، احترام گذاشتن به شخصیت انسان هاست. به همین دلیل وی بدون آنکه برای شخصیت اجتماعی و مقام و پست افراد حسابی باز کند، در حوزه مدیریت خود با قاطعیت به اعمال ضوابط می پرداخت و در این زمینه به هیچ چیز جز انجام وظیفه در چارچوب قانون، بهایی نمی داد. شهید بهشتی درباره حاکمیت ضابطه و تلازم آن با برقراری عدالت در جامعه می فرماید:
بگذارید رفاقت ها و رابطه ها هرگز نتواند صداقت ها و ضابطه ها را به خطر بیندازد که زندگی عادلانه و عدالت اجتماعی و اقتصادی و سیاسی و معنوی در جامعه ما تنها و تنها براساس حاکمیت ضابطه ها و صداقت ها به وجود می آید و نه براساس رفاقت ها و رودربایستی ها، رفاقت ها و رودربایستی هایی که از معیار صداقت ها و ضابطه ها و ارزش های پذیرفته شده اسلام منحرف باشند برای جمهوری اسلامی ما خطرناک و خطر آفرینند و باید از صحنه مسئولیت های جامعه ما به کنار روند.

مدیریت گروهی (مشارکتی): با توجه به گستردگی اطلاعات و وسعت مشکلات توانایی های فکری انسان محدود است و او به تنهایی قادر به تصمیم گیری در همه زمینه ها نیست. یک مدیر هر قدر هم آگاهی زیادی داشته باشد، باز نمی تواند به همه ابعاد مسایل پی ببرد. اعتقاد به محدودیت فکری انسان موجب آمادگی مدیر برای استفاده از نظرات دیگران می شود. آن مدیری می تواند یک مدیر خوب برای فعالیت های دسته جمعی باشد که خصلت های کارگروهی هم در او باشد. یکی از بارزترین خصلت های کارگروهی این است که انسان بتواند از عقیده خودش در مقابل عقیده جمع صرف نظر کند، یعنی تشخیص جمع را بر تشخیص خودش ارجح بداند. مقام معظم رهبری می فرماید:
آقای بهشتی این گونه بود. با اینکه به اعتراف دوستان و دشمنان آدمی صاحب نظر و بسیار مبتکر بود و همیشه حرف و پیشنهاد نو داشت و خیلی از اوقات حرف و پیشنهاد ایشان محور بحث و فعالیت جمع می شد.
کشف نیرو و شایسته سالاری: بزرگ ترین و مهم ترین موضوع مورد مطالعه در روی زمین همچنان انسان است. انسان ظریف ترین و پیچیده ترین موجود است. انسان ها تفاوت های عمیقی با یکدیگر دارند. هر مدیر با انسان های متفاوتی رو به روست. دانشمندان علوم تربیتی برای استفاده شایسته از استعدادها و قابلیت های نهفته در وجود انسان مراحلی را پیشنهاد می کنند. یکی از مراحل سه گانه تربیت مرحله کشف و شناسایی است، یعنی مربی لایق، ابتدا باید استعدادها و نیروهای نهفته درونی فردِ تحت تربیت خود را کشف کند تا بتواند مراحل بعدی را بپیماید. بنابراین هر قدر مدیر، افراد خود را بیشتر بشناسد، سازمان مشکلات کمتری دارد، زیرا مدیر می داند که افراد را چگونه تشویق به همکاری کند. یکی از نکات قابل توجه در مبحث مدیریت از دیدگاه شهید بهشتی و همچنین سیره عملی ایشان، چگونگی تأمین نیرو می باشد. شهید دکتر بهشتی کشف نیروهای لازم را برای به عهده گرفتن مسئولیت ها در سطوح مختلف را از جمله اقداماتی می دانست که خود مدیران در هر سطحی که هستند می توانند انجام دهند. ایشان معتقد بودند پیدا کردن افراد عادل، صادق و قابل اعتماد و سپردن کارها به آن ها یکی از سبک های مدیریت است. مسیح مهاجری در خاطرات خود با شهید بهشتی می گوید:
شهید بهشتی خود به این اصل پای بند بود و در همه حال خود را موظف می دانست در پی کشف نیروهای جدید باشد، به طوری که این نکته را گاهی در سخنرانی های عمومی خود نیز اظهار می کرد و از اینکه توانسته است افراد شایسته ای را برای قبول مسئولیت کشف کند، خوشحال بود.

ولایت محوری: تبعیت بی چون و چرا از رهبری و هماهنگی مدیریت ها در عمل به مکتب و حرکت در خط شرط مهم مدیریت از نظر شهید بهشتی بود. ایشان معتقد بودند با اینکه مسئولیت ها با توجه به تفکیک قوا در قانون اساسی مشخص است، در عین حال مدیریت ها یک مجموعه یکپارچه است و تأکید داشتند که: امام و امت در نظام مدیریت جامعه ما، اصل است و همه چیز دیگر باید در پرتو این اصل پرشمول در جای خودش ساخته و شناخته شود و قرار گیرد. پس به این ترتیب همه نهادهای حکومتی ما باید در خط امام باشند.
شهید دکتر بهشتی در میدان عمل نیز خود به عنوان یکی از برجسته ترین مدیران نظام جمهوری اسلامی پایبندی خود را به این اصل مهم به اثبات رساند. در جریان اختلافات شدیدی که میان نیروهای خط امام و طرفداران خط گرایش به غرب در سال های 1359 و 1360 به وجود آمد، هنگامی که امام خمینی (ره) به منظور جلوگیری از تشنج، دستور سکوت دادند. شهید بهشتی بی درنگ به این فرمان امام عمل کردند و همه دوستان و همفکران خود را نیز دعوت به سکوت نمودند:
من فقط یک توضیح دارم و آن این است که ما معتقدان سرسخت به ولایت فقیه و امامت قاطع رهبر عالیقدرمان امام هستیم. ایشان فرموده اند مطلقاً در این زمینه ها سخنی نگویید و من تا ایشان اجازه ندهند یک کلمه هم سخن نخواهم گفت. ای امت فداکار و ای امام الهام بخش... به خدا سوگند که در برابر شما از طرح هر گونه جمله ای که بوی اختلاف دهد، احساس شرم می کنم و به همین جهت تا آنجا که ضرورت ایجاد نکند و امام امت نخواهد، شعار من و یاران همفکر من، فقط یک شعار است، آن هم آن سکوت الهام بخش وحدت، ان شاء الله.